중대범죄수사청이 초대 수장 없이 대행 체제로 출범할 가능성이 제기됐다. 수장 인선이 완료되지 않을 경우 출범 초기부터 조직 운영 체계가 임시 형태로 시작될 수 있다는 내용이다.

정치권 일부에서는 수장 후보자가 과거 검찰개혁에 대해 밝혔던 입장을 문제 삼고 있다. 후보자의 정치적 중립성이 인사 과정에서 주요 변수로 거론되고 있다.

중수청의 초기 인선과 인력 배치도 수장 공백의 영향을 받을 수 있는 사안으로 제시됐다. 조직 출범 시점과 인선 상황에 따라 대행 체제의 운영 방식이 달라질 수 있다.

차장은 국회 인사청문 대상이 아니며, 정부 인사 절차를 거쳐 대통령이 임명할 수 있다. 이에 따라 초대 수장과 차장의 임명 절차가 서로 다른 방식으로 진행될 가능성이 있다.