중대범죄수사청장 후보 4명 중 3명이 검찰 출신이라는 점을 두고 정치권에서 공방이 벌어졌다. 국민의힘은 정부가 인사권까지 행사하는 구조라면 독립적인 수사를 기대하기 어렵다며 중수청이 국민을 위한 독립 수사기관인지 문제를 제기했다. 중수청장 후보 논란은 김승원·용혜인 장관 후보자의 인사청문회 쟁점과 함께 정부의 사법·검찰 관련 인선 논란으로 번지고 있다.