미래대응기금을 둘러싸고 기금의 사용처와 국회 통제 범위에 대한 논란이 제기됐다. 보도에 따르면 대통령이 기금 관련 규정을 임의로 제·개정할 수 있고, 기금의 30%는 국회 심사를 받지 않을 가능성이 있다는 지적이 나왔다. 이에 따라 기금이 정치적 목적에 활용될 수 있다는 우려가 제시됐다.